Итак по порядку:
1) сделать 3 пары по 2 батарейки было бы выгоднее (а в идеале вообще все запаралелить) но ооочень проблематично, трубка содержащая батарейки одна, металлическая, часть ее проходит в цельной начинке модера. Единственное что смог - разбил на 2 группы по 3 батарейки. Центр 6ти батареек - минус (на корпус), края - 2 плюса.
Да и как я уже написал более дорогие и энергоемкие батарейки должны проработать в несколько раз дольше. И кстати введенный спящий режим будет как раз способствовать "самовосстановлению" в самом процессе работы.
2) процессор на 3.3В не получится, так как тактовая частота 20МГц, а на этой частоте по даташит только 5В. Уменьшать же частоту - уменьшится точность, база там небольшая.
3) 60мА состоит из следующих нагрузок:
35-40мА - индикатор (можно сделать и экономичнее, но будет тусклее)
2х7,5мА - 2 излучающих датчика (ИК светодиоды). Можно конечно 2й датчик включать после срабатывания первого, но во первых - экономия 7.5мА не так много, а во вторых боюсь пострадает точность, так как будет присутствовать небольшая задержка, да и лишние процессы в ответственный момент подсчета времени. В общем сомнения у меня

Все остальное (процессор, стабилизатор, схема, и т.д. - всего 5мА
А на светодиод у меня и нет транзистора, все напрямую от порта. Транзисторы стоят от фототранзисторов (они практически не потребляют).
4) индикатор гоняю в динамическом режиме, програмно могу убавить потребление, но и яркость убавится...
5) на этом хрономодере вообще нет управляющих кнопок - только кнопка с фиксацией для вкл. питания. Если на нее нажать - прибор просто выключится.
6) про индукционные датчики уже писал - напиши марку если знаешь, посмотрю. Хотя оптические уже поставил и намертво залил эпоксидкой, но на будущее, для расширения кругозора

7) про нет предела согласен, уже несколько раз дорабатывал хрономодер. А уж сколько раз менялись мои обычные хронографы вообще молчу

С уважением, Сергей.